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武漢愛基百客生物科技有限公司(簡稱愛基百客),位于武漢高農生物園,辦公面積逾3000平方米,是一家專注于表觀組學、單細胞時空組學和高通量測序分析服務的新型生物科技企業。


公司旨在為客戶提供專業的科研服務,運營至今合作的科研客戶近千家,涵蓋國內知名科研院所、高校以及相關生物企業,運營至今銷售額超1億元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等國際高水平學術期刊發表,受到了客戶廣泛好評,是國內成長最迅速的多組學科研服務企業之一。

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TECHNOLOGY SERVICE

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详细说明

ChIP-seq

  • 產品介紹
  • 案例分享

ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation with highthroughput sequencing )


產品介紹

染⾊質免疫共沉淀技術( Chromatin Immunoprecipitation, ChIP )是⼀種適用于研究蛋白質與生物體細胞中DNA相互作用的經典方法,將ChIP與第⼆代測序技術相結合的ChIP-seq技術,能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因⼦等互作的DNA 區段,研究體內轉錄因子和靶基因直接相互作用的方法,對于調控蛋白在基因組上的結合靶點篩選、差異化表觀遺傳變異的原理揭示提供了重要的解決思路。

chip -seq.png


分析流程:

CHIP分析流程圖.png


技術優勢:

  • 項⽬經驗豐富,研究物種300+種, 累計實驗3000余次。

  • 提供前期實驗設計、測序、分析以及后期驗證(ChIP-qPCR、Luc)⼀站式服務。

  • 強大的生信團隊,滿⾜客⼾各種數據挖掘及分析需求。

  • 項目文章多次發表于Science、Cancer Cell、Nature Plants、 Nature Metabolism以及Plant Cell等期刊。

項目經驗:

CHIP項目經驗.png


樣本要求:

細胞:≥5✖106 

動物組織:1 g 

植物組織5 g

真核微生物:500 mg


建庫測序:

測序策略:NovaSeq6000,PE150

測序深度:6-12 G


項目周期:

60個工作日


案例分析

【項⽬⽂章】通過組織特異性油菜素甾醇抑制提⾼⽔稻穗分枝和產量

Enhancing rice panicle branching and grain yield through tissue-specific brassinosteroid inhibition

期刊:Science |影響因⼦:44.8|發表時間:2024|發表單位:中國農業科學院作物科學研究所



研究背景:

作物育種本質上是在平衡各種特征以實現植物最佳表現的藝術。然而,由于特征之間復雜的關系,實現最佳平衡具有挑戰性。一個主要障礙是各種特征之間的權衡,比如谷粒大小和數量之間的權衡。植物甾醇(BRs)是一類類固醇激素,促進谷粒大小并已被證明可以增強作物產量。盡管它們具有潛力,但BRs的多效性影響阻礙了它們在作物改良中的應用,并且它們在調節谷粒數量方面的作用仍不清楚。


研究結果:

該研究報道了復粒稻多粒簇形成的機制,揭示了BRs在通過精確的分生組織過渡來協調穗分枝和粒數方面的開創性作用。其中,研究找到BR分解代謝基因油菜素內酯缺乏的DWARF3(BRD3),還發現了一種支持這一功能的組織特異性BR通路,涉及BR信號抑制劑激酶GSK2,它可以磷酸化并穩定轉錄因子OsMADS1。隨后,研究利用ChIP-seq和RNA-seq找到了OsMADS1的下游靶基因RCN2;進而確定了組織特異性的BR通路(BRD3-BR-GSK2-OsMADS1-RCN2)。


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圖:OsMADS1靶向并上調RCN2



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