案例分析
【項⽬⽂章】《杯傘科（口蘑亞目，傘菌目）的系統分類：基于系統發育與系統基因組學證據、形態學數據及毒蕈堿產生特性的演化創新》
Systematic arrangement within the family Clitocybaceae (Tricholomatineae, Agaricales): phylogenetic and phylogenomic evidence, morphological data and muscarine‑producing innovation
期刊：Fungal Diversity｜影響因⼦：20.3｜發表時間：2023年｜發表單位：中國科學院昆明植物研究所
研究背景：
Clitocybaceae（杯傘科）是近期建立的真菌家族。目前，由于取樣和用于系統發育分析的基因有限，該家族內的亞科分化和關系尚不清晰。該家族的一些蘑菇含有神經毒性毒蕈堿，導致全球范圍內許多嚴重甚至致命的中毒事件。然而，該家族內毒素的分類分布和演化大部分仍然未知。
研究結果：
該研究基于ITS和六個分子位點（ITS、LSU、TEF1、RPB1、RPB2和ATP6）的核苷酸序列進行了系統發育分析，同時進行了基于485個單拷貝同源基因的系統發育基因組學分析。采用BEAST分析法來估計家族內的分化時間，并對32個代表性物種的毒蕈堿進行了生化分析。基于這些分析，提出了Clitocybaceae的更新分類，包括六個屬：杯傘屬（Clitocybe）、金錢菌屬（Collybia）、樹狀金錢菌屬（Dendrocollybia）、香蘑屬（Lepista）、假離褶傘屬（Pseudolyophyllum）和囊泡杯傘屬（Singerocybe）。還提出了17種中國新種和15種新組合。此外，在18種物種中檢測到毒蕈堿，這些含毒蕈堿的物種在Collybia亞屬中形成了一個主要的單系分支。最后，系統發育、系統發育基因組學、化學分類和分子測定年齡結果表明，Clitocybaceae是一個自然群，估計起源于約6000萬年前，并且在該家族中，毒蕈堿大約在2000萬年前僅經過一次獨立演化，并且之后未發生丟失。
