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武漢愛基百客生物科技有限公司(簡稱愛基百客),位于武漢高農(nóng)生物園,辦公面積逾3000平方米,是一家專注于表觀組學(xué)、單細(xì)胞時空組學(xué)和高通量測序分析服務(wù)的新型生物科技企業(yè)。


公司旨在為客戶提供專業(yè)的科研服務(wù),運營至今合作的科研客戶近千家,涵蓋國內(nèi)知名科研院所、高校以及相關(guān)生物企業(yè),運營至今銷售額超1億元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等國際高水平學(xué)術(shù)期刊發(fā)表,受到了客戶廣泛好評,是國內(nèi)成長最迅速的多組學(xué)科研服務(wù)企業(yè)之一。

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Small RNA-seq

  • 產(chǎn)品介紹
  • 案例分享

Small RNA-seq


產(chǎn)品介紹:

smallRNA是生物體內(nèi)⼀類重要的功能分子,廣泛存在于高等和低等生物體內(nèi)。SmallRNA與細(xì)胞的發(fā)育、分化、疾病等密切相關(guān)。近年來的研究表明,smallRNA不僅可作為癌癥診斷、識別、預(yù)后的標(biāo)志物,也在癌癥治療中發(fā)揮作用。 

smallRNA包括microRNA、siRNA、snoRNA、piRNA等。它們的主要功能是誘導(dǎo)基因沉默,調(diào)控細(xì)胞生長、發(fā)育、基因轉(zhuǎn)錄和翻譯等生物學(xué)過程。通過mRNA降解、翻譯抑制、異染色體形成以及DNA去除等多種途徑,廣泛的參與調(diào)控⽣物體的生長發(fā)育和疾病發(fā)生。基于新⼀代⾼通量測序技術(shù)的smallRNA 測序,可⼀次性獲得數(shù)百萬條small RNA  序列,能夠快速地鑒定某種組織在特定狀態(tài)下的所有已知smallRNA并發(fā)現(xiàn)新的smallRNA,以及預(yù)測smallRNA靶基因,為smallRNA功能研究和調(diào)控機制提供有力的工具。


分析流程:

miRNA分析流程.png 


樣本要求:

細(xì)胞:≥1×106 

動物組織:3 g

植物組織:1g

真核微生物:300mg/106

 

建庫測序:

測序策略:SE50

測序量:10-20 M

適用范圍:有參考基因組物種


項目周期:

45個工作日


案例分享

【項⽬⽂章】通過轉(zhuǎn)錄組、miRNA組及降解組聯(lián)合分析探究桂花開放與衰老的miRNA-靶基因調(diào)控模塊

Exploring miRNA-target modules regulating flower opening and senescence in Osmanthus fragrans through integrated transcriptome, miRNAome, and degradome analysis

期刊:Industrial Crops & Products|影響因⼦:6.2|發(fā)表時間:2025年|發(fā)表單位:湖北科技學(xué)院


研究背景:

桂花是中國十大傳統(tǒng)名花之一,廣泛應(yīng)用于觀賞、食品和化妝品行業(yè)。花朵開放和衰老過程對其生命周期至關(guān)重要,但其最佳商業(yè)采收期僅持續(xù) 2-3 天,這成為了產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重大瓶頸。MicroRNA (miRNA) 是調(diào)節(jié)植物生長、發(fā)育和脅迫反應(yīng)的關(guān)鍵非編碼小 RNA (sRNA)。然而,關(guān)于miRNA與mRNA之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),特別是在桂花花朵開放和衰老過程中的作用,目前仍知之甚少。


研究結(jié)果:

該研究通過Small RNA-seq 測序鑒定了135個miRNA,包括46個已知miRNA和89個新miRNA,其中73個表現(xiàn)出差異表達(dá)。此外,利用降解組測序鑒定了112個miRNA的529個靶基因,其中57個靶基因被歸類為0-2類。在這些靶基因中,有26個是轉(zhuǎn)錄因子,包括12個SBP、5個NAC、3個ARF、2個AP2和2個GRF。針對所有這些靶基因?qū)?gòu)建了一個調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。通過該網(wǎng)絡(luò)以及對差異表達(dá)基因(DEG)的加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA),研究鑒定了調(diào)節(jié)花朵開放 (ofr-miR156j-OfSPL2/SPL9和ofr-miR396a-5p-OfGRF1) 和花朵衰老 (ofr-miR164b-5p-OfNAC079和ofr-miR394b-5p-OfFBXO6) 的關(guān)鍵miRNA-mRNA模塊。這些模塊通過生物信息學(xué)分析和qRT-PCR 檢測得到了進一步驗證。該研究首次系統(tǒng)鑒定了參與桂花花朵開放和衰老的miRNA,建立了一個全面的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),為未來深入研究miRNA介導(dǎo)的這些過程的調(diào)控機制奠定了基礎(chǔ)。


image.png

圖:花朵開放和衰老過程中的差異表達(dá)miRNA(DEMs)



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