標(biāo)題

科研服務(wù)實(shí)驗(yàn)室

符合國(guó)家IS0 9001標(biāo)準(zhǔn)，實(shí)驗(yàn)操作流程實(shí)行內(nèi)部管理標(biāo)準(zhǔn)化、可追溯。
樣本處理及建庫(kù)系統(tǒng)

樣本處理及建庫(kù)系統(tǒng) / 二代測(cè)序系統(tǒng)
二代測(cè)序系統(tǒng)

二代測(cè)序系統(tǒng)

首頁(yè)

企業(yè)文化
公司榮譽(yù)
加入我們
聯(lián)系我們

加入我們

關(guān)于我們

武漢愛基百客生物科技有限公司（簡(jiǎn)稱愛基百客），位于武漢高農(nóng)生物園，辦公面積逾3000平方米，是一家專注于表觀組學(xué)、單細(xì)胞時(shí)空組學(xué)和高通量測(cè)序分析服務(wù)的新型生物科技企業(yè)。

公司旨在為客戶提供專業(yè)的科研服務(wù)，運(yùn)營(yíng)至今合作的科研客戶近千家，涵蓋國(guó)內(nèi)知名科研院所、高校以及相關(guān)生物企業(yè)，運(yùn)營(yíng)至今銷售額超1億元，科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等國(guó)際高水平學(xué)術(shù)期刊發(fā)表，受到了客戶廣泛好評(píng)，是國(guó)內(nèi)成長(zhǎng)最迅速的多組學(xué)科研服務(wù)企業(yè)之一。

加入我們

核酸蛋白互作組學(xué)

基因組相關(guān)研究

多組學(xué)

核酸甲基化修飾

染色質(zhì)圖譜

轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)研究

單細(xì)胞時(shí)空組學(xué)

綜合項(xiàng)目服務(wù)

三代測(cè)序

CirMD循環(huán)腫瘤DNA

MiGM消費(fèi)級(jí)基因檢測(cè)

CirAG衰老參數(shù)檢測(cè)

項(xiàng)目管理系統(tǒng)

網(wǎng)站首頁(yè)

TECHNOLOGY SERVICE

科技服務(wù)

網(wǎng)站首頁(yè) >> 科技服務(wù) >>單細(xì)胞時(shí)空組學(xué) >> scATAC-seq

详细说明

scATAC-seq

產(chǎn)品介紹
案例分享

單細(xì)胞染色質(zhì)可及性（scATAC-seq）

產(chǎn)品介紹：

多數(shù)基因組中的染色質(zhì)都緊緊盤繞在細(xì)胞核內(nèi)，但也有一些區(qū)域經(jīng)染色質(zhì)重塑后呈現(xiàn)出松散的狀態(tài)，這部分無核小體的裸露DNA區(qū)域被稱為開放染色質(zhì)（open chromatin），而DNA復(fù)制和基因轉(zhuǎn)錄都發(fā)生在這些區(qū)域。染色質(zhì)的這種特性叫做染色質(zhì)的易接近性（chromatin accessibility），通過研究細(xì)胞特定狀態(tài)下開放的染色質(zhì)區(qū)域可以在DNA水平上了解其轉(zhuǎn)錄調(diào)控。10× scATAC-seq（Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，單細(xì)胞染色質(zhì)易開放區(qū)域測(cè)序）基于10×Genomics單細(xì)胞平臺(tái)，利⽤Tn5轉(zhuǎn)座酶切割染⾊質(zhì)的開放區(qū)域，并加上測(cè)序引物進(jìn)行高通量測(cè)序，以單細(xì)胞層面研究染色質(zhì)開放區(qū)域，在腫瘤異質(zhì)性研究、基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析、轉(zhuǎn)錄因子挖掘等方面發(fā)揮了重要作用。

技術(shù)流程：

樣本要求：

樣本類型：?jiǎn)渭?xì)胞核懸浮液

樣本來源：細(xì)胞系、原代細(xì)胞、冷凍保存樣品

細(xì)胞核大小：小于40μm

測(cè)序量：90G

項(xiàng)目周期：

40個(gè)⼯作⽇

案例分享

《單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)繪制哺乳動(dòng)物染色質(zhì)可接近性圖譜》

A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility.

Cell, 2018, 174:1309-1324.e18.（IF=36.216）

研究背景：

目前已經(jīng)有大量關(guān)于細(xì)胞系和組織中全基因組染色質(zhì)的可接近性的研究。然而，細(xì)胞系在體外培養(yǎng)的過程中會(huì)發(fā)生改變，組織被細(xì)胞類型異質(zhì)性混淆。雖然在體內(nèi)細(xì)胞類型可以流動(dòng)分類和研究，但會(huì)耗費(fèi)大量勞力，而且需要相關(guān)研究報(bào)道的標(biāo)記來區(qū)分。

研究?jī)?nèi)容：

研究應(yīng)用單細(xì)胞ATAC-seq分析了5只成年雄性小鼠13個(gè)組織約10萬個(gè)單細(xì)胞染色質(zhì)可及性，最終得到81173個(gè)細(xì)胞，共鑒定出85個(gè)亞群和436,206種調(diào)控元件，并利用啟動(dòng)子的相關(guān)基因?qū)?/span>85個(gè)亞群的細(xì)胞類型進(jìn)行注釋，呈現(xiàn)了哺乳動(dòng)物不同細(xì)胞類型的染色質(zhì)調(diào)控圖譜。聯(lián)合單細(xì)胞RNA-seq分析數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)兩種方法注釋的細(xì)胞類型表現(xiàn)出高度一致性；基于KNN分類將scRNA-seq中最常見的標(biāo)記關(guān)聯(lián)到scATAC-seq數(shù)據(jù)，共同注釋細(xì)胞類型。利用全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）的數(shù)據(jù)，使用LDSC模型將人類的SNP提升到小鼠基因組中，根據(jù)DA峰值的重疊進(jìn)行注釋，研究人類特征性疾病與細(xì)胞類型間的相關(guān)性。