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武漢愛基百客生物科技有限公司(簡稱愛基百客),位于武漢高農生物園,辦公面積逾3000平方米,是一家專注于表觀組學、單細胞時空組學和高通量測序分析服務的新型生物科技企業。


公司旨在為客戶提供專業的科研服務,運營至今合作的科研客戶近千家,涵蓋國內知名科研院所、高校以及相關生物企業,運營至今銷售額超1億元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等國際高水平學術期刊發表,受到了客戶廣泛好評,是國內成長最迅速的多組學科研服務企業之一。

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原核轉錄組

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原核轉錄組


產品介紹:

原核轉錄組測序是針對原核微生物開展的轉錄組學研究。可以用其探究微生物不同時期、不同表現型、應激響應等相關的分子調控機制,還可用于完善微生物轉錄組信息,如轉錄本結構、新轉錄本預測,⾮編碼RNA預測等。由于原核⽣物mRNA沒有poly A尾結構,需要采用去除rRNA的方法構建⽂庫。


分析流程:

image.png


樣本要求:

樣本量:1×106個或≥300mg


建庫測序:

測序平臺:Illumina/BGI 

測序量:1-3G


項目周期:

40⼯作⽇



案例分享

《⼀種外膜蛋⽩YiaD有助于鮑曼不動桿菌對美羅培南的適應性抗性》

AnOuterMembraneProteinYiaDContributestoAdaptiveResistanceofMeropeneminAcinetobacterbaumannii

期刊:MicrobiolSpectr|影響因⼦:9.043|發表時間:2022年|發表單位:西安交通⼤學


研究背景:

鮑曼不動桿菌是⼀種重要的醫院病原體,可對多種抗⽣素產⽣多種耐藥性機制。然⽽,關于它是如何從抗⽣素敏感演變為耐藥表型的機制尚不太清楚。該研究通過原核轉錄組以及實驗驗證揭⽰鮑曼不 動桿菌外膜蛋⽩(OMPs)在抗⽣素脅迫下的轉變,并確定YiaD作為外膜蛋⽩(OMP)標記物參與A.baumanni對美羅培南(MEM)適應性耐藥性的發展。


研究結果:

為了鑒定鮑曼不動桿菌參與MEM應激反應 的潛在適應基因,對其進⾏RNA-seq分析。 在MEM脅迫下,共有470個基因存在差異表達,上調89個,下調381個。⽂獻報道顯⽰鮑曼不動桿菌的碳⻘霉烯類耐藥性主要是由OMPs的改變、外排泵的過表達、⻘霉素結 合蛋⽩的變化和β-內酰胺酶的⽣成來介導的。在該研究的RNA-seq結果中,外排泵的表達是主要減少的。這⼀結果與外排泵的功能相沖突,預期外排泵的表達會增加,從⽽增加細菌對抗⽣素的耐藥性。此外,在AB5116中,⻘霉素結合蛋⽩的表達和β-內 酰胺酶的產⽣均⽆變化。據報道,有⼏個外膜蛋⽩⽐如OmpA、CarOOprD對耐藥性⾄關重要;于是,該研究對鮑曼不動桿菌中11個頻繁報道過的外膜蛋⽩進⾏了分析,在MEM脅迫下其中2個轉錄呈現上調趨勢,11個呈現下調趨勢 。然⽽,只有carO、yiaDoprD被認為是差異表達基因,其中carOyiaD表達下調,oprD表達上調。該研究⾸次證明了YiaD表現出與MEM適應和抗性進化相關的獨特轉錄。

image.png

圖:RNA-seq結果的分析和外膜蛋⽩(OMPs)表達的變化


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