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酶解法甲基化測(cè)序(EM-seq)
EM-seq（Enzymatic Methyl-seq）產(chǎn)品介紹EM-seq，全稱為Enzymatic Methyl-seq，是一種新型的DNA甲基化檢測(cè)技術(shù)。它利用酶學(xué)方法區(qū)分DNA上的未甲基化的C和甲基化的5mC（或羥甲基化的5hmC）。Enzymatic Methyl-seq（EM-seq）通過(guò)酶法完成WGBS建庫(kù)，其對(duì)DNA的酶處理分為兩步：第一步使用TET2酶以及氧化增強(qiáng)劑將5mC和5hmC氧化成5caC，保護(hù)經(jīng)過(guò)修飾的胞嘧啶；第二步利用脫氨酶APOBEC對(duì)胞嘧啶進(jìn)行脫氨處理，此步驟不會(huì)對(duì)5caC造成影響，從而實(shí)現(xiàn)5mC和5hmC的檢測(cè)。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
樣本要求動(dòng)物組織≥0.2 g DNA≥500ng （濃度≥20ng/uL） 細(xì)胞：≥5✖106個(gè) 建庫(kù)測(cè)序 測(cè)序策略：PE150 測(cè)序深度：推薦至少30X 通過(guò)漿細(xì)胞游離DNA的靶向酶促甲基測(cè)序來(lái)檢測(cè)肝細(xì)胞癌 Hepatocellular carcinoma detection via targeted enzymatic methyl sequencing of plasma cell-free DNA 期刊：Clinical Epigenetics | 影響因子：4.4 | 發(fā)表時(shí)間：2023 | 發(fā)表單位：廈門(mén)大學(xué) 研究背景： 循環(huán)腫瘤DNA攜帶的表觀遺傳變異可作為非侵入性液體活檢早期檢測(cè)肝細(xì)胞癌（HCC）的生物標(biāo)志物。然而，傳統(tǒng)的甲基化分析方法，即雙硫酸鹽測(cè)序，由于DNA損傷嚴(yán)重的缺點(diǎn)，在少量cfDNA分析中的應(yīng)用受到限制。 研究結(jié)果： 通過(guò)溫和的酶介導(dǎo)轉(zhuǎn)化，酶甲基測(cè)序（EM-seq）非常適合精準(zhǔn)測(cè)定游離DNA的甲基化水平，為肝細(xì)胞癌（HCC）的早期檢測(cè)提供了機(jī)會(huì)。甲基化對(duì)照組DNA的EM-seq分析顯示，將未甲基化的C轉(zhuǎn)化為U的酶促轉(zhuǎn)化效率高于亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化。此外，相對(duì)較大比例的未完全轉(zhuǎn)化的EM-seq reads中，包含超過(guò)3個(gè)未轉(zhuǎn)化的CH位點(diǎn)（CH=CC、CT或CA），這些可以通過(guò)過(guò)濾去除，從而提高EM-seq甲基化檢測(cè)的準(zhǔn)確性。研究分析了241例HCC、76例肝病和279例正常血漿樣本，使用EM-seq和靶向捕獲技術(shù)測(cè)量1595個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化值。模型訓(xùn)練確定了283個(gè)CpG位點(diǎn)在HCC與非HCC樣本之間存在顯著的甲基化水平差異。基于這些標(biāo)記的HCC篩查模型能夠有效區(qū)分HCC樣本和非HCC樣本，在測(cè)試集中曲線下面積為0.957（sensitivity=90%，specifcity=97%），在不同階段以及在血清α-胎蛋白/維生素K缺乏II誘導(dǎo)的蛋白陰性樣本中表現(xiàn)良好。
圖：靶向EM-seq測(cè)序和標(biāo)志物選擇
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